На разных стадиях развития растения опосредовано регулируют состав биома ризосферы путем изменения состава и количества корневых экссудатов и ризодепозитов.
В корневой зоне молодых растений доминируют грамотрицательные бактерии родов Azotobacter, Flavobacterium и др. По мере старения растений баланс смещается в сторону грамположительных, таких как бактерии рода Bacillus и актинобактерии родов Mycobacterium, Streptomyces и пр.
По сути, бактерии, питающиеся корневыми экссудатами, уходят на второй план и активно включаются бактерии-гидролитики, разлагающие корневой опад, старые корешки, микробную биомассу.