В зоне корней - ризосфере, создаются особые условия существования, резко отличающиеся от условий обычной почвы. Если в грамме почвы вне корневой зоны насчитывается 5-10 миллионов микроорганизмов, то в зоне корней их уже 1-10 миллиардов. В ризосфере, как показывают современные исследования, число микроорганизмов в десятки и сотни, а иногда и в тысячи раз больше, чем вне зоны корней. Микроорганизмы покрывают корневую систему почти сплошным слоем. Этот слой называется биологически деятельным слоем почвы, так как в нём особенно интенсивно протекают микробиологические процессы. Получая питание от растений, бактерии снабжают их азотом (за счет процесса азотфиксации), фосфором и калием (за счет процесса солюбилизации) и прочими элементами питания, которые без участия бактерий, были бы не доступны для растений. Также бактерии вырабатывают специальные вещества, которые защищают корни растений от патогенных микроорганизмов (биозащита) и стимулируют процессы роста и развития растения в целом (биостимуляция).