Ключевым отличием бактериальных удобрений от минеральных является равномерное поступление NPK в растения. Минеральные удобрения при взаимодействии с растением снижают свою концентрацию по причине потребления. Микробиологические удобрения при взаимодействии с растением не снижают свою концентрацию и обеспечивают пролонгированное поступление в течение периода вегетации. Максимальные показатели продуктивности бактериальных удобрений совпадают с прохождением критических фаз роста и развития сельхозкультур.
Минеральные удобрения могут вызывать солевой ожог корней и листьев с/х культур, микробиологические удобрения ожогов не вызывают.
Минеральные удобрения способны оказывать негативное воздействие на объекты окружающей среды, микробиологические удобрения такого воздействия не оказывают.